画面の文字が見づらかった大昔のUIから一新され、アクセサリの装備方法やステータス確認がスムーズになりました。最新版マイクラの操作感でプレイが可能です。

遊び人、盗賊、忍者、道具使い、道具マスターなどが追加され、更に多くの職業に「必殺の紋章」を使った固有の強力な必殺技なども実装されました。特技や魔法の総数も大幅に増えています。

配合の判定が安定しただけでなく、ステータスの引き継ぎ要素、スキル選択、特定の組み合わせによる特殊な派生先（多体配合など）が細かく調整され、より本家の『ドラゴンクエストモンスターズ』に近い奥深い育成が可能になりました。

自然生成されるダンジョンのバリエーションが豊富になり、探索のやりごたえが格段にアップしています。特定の階層に挑むような「不思議のダンジョン」系の要素との連携も強化されました。

DQM6はモンスターを倒した際に一定の確率で仲間になるという要素がありますが、ワールドを作り最初に職業を選んだ段階で最初に6体、定められた候補の中からモンスターを仲間にできるようになりました。